Kehadiran Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah pada awal berdirinya merupakan pengembangan Program Studi di lingkungan Fakultas Tarbiyah dan Tadris IAIN Sultan Amai Gorontalo. Kehadiran Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah, merujuk kepada Usul Pembukaan Program Studi Nomor St.07/PP.009/208/2004, Usul Pengukuh-an Program Studi Nomor INS.16/PP.009/142A/2005, dan Surat Tentang Kelengkapan Proposal Pembukaan Program Studi Nomor INS.16/PP.009/455 tanggal 7 Oktober 2005. Selanjutnya, pengukuhan terhadap eksistensi Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah didasarkan pada Surat Keputusan Direktorat Jendral Pendidikan Islam No. DJ.I/2256/2013 tanggal 19 Agustus 2013.
Sebagai Program Studi yang baru di lingkungan IAIN Sultan Amai Gorontalo, sejak awal kehadirannya lebih banyak berusaha mempertahankan keberadaannya, dengan melakukan berbagai penataan dan perencanaan, mulai dari pengadaan gedung perkuliahan, penataan kurikulum, sosialisasi dan perekrutan mahasiswa baru, pengadaan tenaga dosen dan administrasi, hingga perencanaan akreditasi.
Sejak berdirinya, Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah senantiasa melakukan konsolidasi dengan pimpinan Fakultas dan Institut setahap demi setahap dan dengan penuh kepastian untuk mengukuhkan eksistensinya. Mengingat Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah merupakan Program Studi yang mempunyai peluang untuk dikembangkan dan membutuhkan sistem pembelajaran yang kondusif, maka pemilihan ruang belajar dilakukan dengan sangat hati-hati dengan mempertimbangkan ketenangan, kenyamanan, dan situasi kondusif demi mendukung kesuksesan proses pembelajaran Program Studi ini.
Berdasarkan Surat Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Nomor DJ.I/2256/2013, Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah berstatus Terdaftar pada Departemen Agama Direktorat Jendral Pendidikan Islam tanggal 19 Agustus 2013. Sampai dengan tahun 2018, Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah telah memasuki usianya yang keempat tahun.